食品廠凈化工程結構，需根據不同食品的要求，設計適合具體食品加工的特殊要求，過于擁擠的車間，不僅妨礙生產操作，而且人員之間的相互碰撞，人員工作服與生產設備的接觸，很容易造成產品污染。而車間布局既要便于各生產環節的相互銜接，又要便于加工過程的衛生控制，防止生產過程交叉污染的發生。
食品廠凈化工程基本上都是從原料→半成品→成品的過程，即從非清潔到清潔的過程，因此，加工車間的生產原則上應該按照產品的加工進程順序進行布局，使產品加工從不清潔的環節向清潔環節過渡，不允許在加工流程中出現交叉和倒流。
清潔區與非清潔區之間要采取相應的隔離措施，以便控制彼此間的人流和物流，從而避免產生交叉污染，加工品傳遞通過傳遞窗進行。
要在車間內適當的地方，設置工器具清洗、消毒間，配置供工器具清洗、消毒用的清洗槽、消毒槽和漂洗槽，必要時，有冷熱水供應。
在地面防滑性上，應選用防滑、堅固、不滲水、易清潔、耐腐蝕的材料鋪制，車間地面表面要平坦，不積水。車間整個地面的水平在設計和建造時應該比廠區的地面水平略高，地面有的斜坡度。
食品廠凈化工程的物料管理：
1、進入凈化工程的物料、工具及新增設備須先在拆包區里進行脫包處理，確保干凈，再經進貨緩沖間進入，做好相應的記錄驗收工作；
2、凈化工程內盡量不存放與生產無關的物件，對存放的與生產無關物件要標明存放日期，存放期超過兩天以上的要定時清理，對可以不存放在凈化工程的物品和無用物品要及時清理；
3、物品要存放有序，生產使用的手推車、原材料及清潔工具，在未使用時應存放在相應的區域，同時將相應的區域用標識帶分類標識；
4、禁止在凈化工程內使用非凈化用品，如須使用時，應放在回風口附近；
5、檢驗后的成品應整齊堆放在指定區域，用標識帶做好標識，統一由出貨緩沖區運出車間。